بخش تضمین کیفیت مانند سلسله اعصاب موسسه محک است که بهبود مستمر را میسر می‌کند. این بخش با ارتباط مستقیم از طریق ذیربطان، نقاط ضعف و قوت را جویا می شود تا در برنامه ریزی های سازمان از آن نقطه نظرها برای هر چه بهتر طی کردن مسیر تعالی استفاده گردد.این بخش از نیمه دوم فرودین ماه سال 1388 شروع به کار کرده است و از طریق ارتباط تلفنی و حضوری کلیۀ نقطه نظرها، نقاط قوت و ضعف مؤسسه و بیمارستان محک را جمع آوری و بررسی می‌کند. انتقادات و پیشنهادات برای رفع مسائل محک به مدیرعامل گزارش داده می شود و پس از بررسی در دستور کار مدیران هر بخش قرار می گیرد.با توجه به بیانیه ی دیدگاه محک و خواسته ی سازمان برای قرار گرفتن در زمره ی 5 سازمان برتر جهان لازم است که سطح کیفی کلیۀ فعالیت های سازمان با یک (SUPER VISION) یکپارچه شود.

مهمترین اصل در محک نیز شفافیت در عملکرد و پاسخگویی به نیاز مخاطبان می باشد که نحوۀ پاسخگویی در بخش تضمین کیفیت با ارتباط با سه گروه یاوران، بیماران و خانواده های آنها و کارکنان انجام می‌گیرد.

گروه اول نیکوکاران و داوطلبانی هستند که با مشارکت در بسته های کمک‌های مردمی(عضویت، قلک، روزیاری، درمان‌یاری) و یا با ارائه ی علم و تخصص خود محک را یاری می‌کنند. گروه دوم کودک بیمار و خانواده‌اش می‌باشد. گروه سوم شامل کارکنانی هستند که به صورت موظف در بخش‌های بیمارستان و مؤسسه‌ی محک فعالیت می‌کنند. میزان رضایت این سه گروه از عملکرد سازمان به عنوان ذیربطان اصلی سنجیده می‌شود، تا در برنامه‌ریزی‌های آتی بتوانیم قدم‌های درست‌تر و کارآمد‌تری برداریم. همچنین بررسی و انطباق فعالیت بخش‌های مختلف با آئین نامه‌های موجود از جمله وظایف این بخش است و در صورت لزوم با نظر هیأت مدیره و مدیر عامل، تغییراتی در آیین نامه‌ها صورت می‌گیرد. در بیمارستان محک نیز با مراجعه‌ی حضوری به بخش‌های درمانی در ارتباط با حقوق بیمار و همراه از میزان رضایت آنها مطلع شده و نظریات آنها بلافاصله به واحد‌های مربوطه منعکس می‌شود.